February, 2020 | nibuiroフラグメント β

Archive February 2020

Allen Brain Atlas

By inBioinformatics Tag

Mouse

3-dimensional atlas

http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/annotation/ccf_2017/
ここに.objデータ, 各パーツの座標データであるstructure_centers.csvがあります. annotation_XX.nrrdファイルはこれらがパッケージ化されたものです.
[https://qiita.com/tatsunidas/items/32d3d0b362b0864b8579](NRRDファイルの読み込み – Qiita)

Ontology (as a hierarchically structured json file)

http://api.brain-map.org/api/v2/structure_graph_download/1.json

Transcriptional profiling: RNA-Seq Data

File Size Type Description

Readme

 12 KB .txt
Read-me file with additional information about the other files in this directory
Table of cell metadata 835 KB .csv
Metadata about each cell. Each entry has an _order, _label, and _color column.
Gene expression matrix 5.6 GB .tome
Gene expression matrices provided as an HDF5 file with column-indexed sparse matrices. Exon and intron counts are stored separately. 
See “readme.txt” for data access instructions.
Taxonomy of clusters 44 KB .json
Serialized cluster hierarchy with all node information embedded.
Probability matrix of cluster membership 690KB .csv
Probability matrix that each cell will be in each cell type.
Taxonomy information 1 KB .txt
Metadata about the taxonomy.
Gene Expression by Cluster, median 19 MB .csv
Gene expression aggregated per cluster, calculated as medians.
2D coordinates 1.5 MB .csv
TSNE coordinates for each cell, as shown in the Transcriptomics Explorer

Human

3-dimensional atlas

http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/allen_human_reference_atlas_3d_2020/version_1/
ここにannotation.nii.gz(NIfTIイメージ)があります.
MATLABなどですぐに見ることが出来ますが, volshow関数は2019aからの機能となります.

Ontology

  • Download the “Human Brain Atlas” ontology as a CSV file
    http://api.brain-map.org/api/v2/data/query.csv?criteria=model::Structure,
    rma::criteria,[ontology_id$eq7],
    rma::options[order$eq%27structures.graph_order%27][num_rows$eqall]
  • Developing Human Brain Atlas ontology (as a hierarchically structured json file)
    http://api.brain-map.org/api/v2/structure_graph_download/16.json
  • Example python code to download structure information and ontology from the Allen Brain API
    http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/allen_human_reference_atlas_3d_2020/version_1/examples/convert_to_itksnap/convert_to_itksnap.py

Transcriptional profiling: RNA-Seq Data

File Size Type Description

Readme

 12 KB .txt
Read-me file with additional information about the other files in this directory.
Table of cell metadata 587 KB .csv
Metadata about cells. Each entry has an _order, _label, and _color column.
Gene expression matrix 3.4 GB .tome
Gene expression matrices provided as an HDF5 file with column-indexed sparse matrices. Exon and intron counts are stored separately. 
See “readme.txt” for data access instructions.
Taxonomy of clusters 17 KB .json
Serialized cluster hierarchy with all node information embedded.
Probability matrix of cluster membership 400KB .csv
Probability matrix that each nucleus will be in each cell type.
Taxonomy information 1 KB .txt
Metadata about the taxonomy.
Gene Expression by Cluster, trimmed means 11 MB .csv
Gene expression aggregated per cluster, calculated as trimmed means.
2D coordinates 977 KB .csv
TSNE coordinates for each cell, as shown in the Transcriptomics Explorer.

ウイルスバスター？

By in未分類 Tag

狙われ過ぎるのか, やる気がないのか.
にもかかわらず,

（Feb2020. 価格.com セキュリティソフト 人気売れ筋ランキング）
いや本当にIT7不思議の一つですよね, うーん.

kasperskyとeset, どっち派か…
esetですねー, kasper君はロシア殿の腹の中なので…なんとなく.

追記:
「ロシアのハッカーがカスペルスキーのウイルス対策ソフトを使ってNSAの機密情報を盗み出したと判明」という記事がありました (2017).
ESETつよつよ？

未熟〈気分を害する可能性があります〉

By in未分類 Tag

先日, このような投稿をいたしました.


その後, タカシフト様が,


という投稿をされまして, 「あ, これ私も対象でしょう.」と.
… 　
…
いやね, これ違うのですよ. いえ, 違わないです.

何が問題だったのか.

  1. OSが何たるかを理解していなかった（自分でもびっくり）
  2. 私が前触れもなく言語科学的な視点から計算機科学的な発言をした
  3. 計算機科学の文脈で生物学的な意味での「モデル」という表現を用いた

未熟です. ごめんなさい. 誤解しか生まない文章ですみませんでした<_ _>.

この発言をする以前に量子コンピュータ勢のお方がOSとカーネルの話をしてらしたのですよ.
ですが！
量子コンピュータは現状GPUやFPGAなどと同じように特定の計算のみ高速に行うことを担っている.
ただそれだけならばOS（Windows, UNIX）の開発を行う必要はないのでは, と考えたわけです. しかし！
(1)
Firmwareに組み込みOSが含まれるのですね… 知識不足でした.
(2)
つまり, 量子コンピュータ勢はコンピュータに詳しくない？（いくら頭のいい数学に詳しい人でもコンピュータに詳しいとは限らない）ために, カタカナ表記によるバイアスによってOS（Windows, UNIX）の開発に挑もうとしているのではないでしょうか. と不遜にも考えてしまいました.
　計算機科学的には計算機===コンピュータなのですが（手回し計算機, ALU, MCU 然り）世間的にはコンピュータと言いましたら, デスクトップPCやラップトップつまりOS（Windows, UNIX）が乗っているマシンを連想するものなのでは？と.
(3)
　この「マシン」, 従来のOS（Windows, UNIX）がのっているノイマン型コンピュータを指してモデル（疾患モデルなど, 対称を伴っている実体）と言ってしまったのがトドメ. 何言ってんだコイツ

つらつらと書きましたが, 私のツイートを全く見ていない可能性まである（汗）.
博学者ぶるにしても度が過ぎていましたし, 自分の未熟さを再認識いたしました.
タカシフト様, ありがとうございました.
（でも「電気工学科から発展してきた分野」と断言してしまうのも…）
(=ﾟωﾟ)つ)ﾟ∀ﾟ)ｸﾞｧ